Projekty w trakcie realizacji



NCN, NCBiR oraz europejskie   BK   BKM



Tytuł projektu: Utworzenie i realizacja wdrożeniowej ścieżki kariery akademickiej w ramach stacjonarnych studiów doktoranckich w dyscyplinach Automatyka i robotyka oraz Informatyka prowadzonych na Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej w Gliwicach

Numer: bd

Czas trwania: 2017/09/01-2021/09/30

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca:

Wykonawcy:

Opis projektu: Projekt ukierunkowany jest na dopasowanie oferty edukacyjnej Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki (AEI) Politechniki Śląskiej w Gliwicach do potrzeb nowoczesnej gospodarki poprzez utworzenie w ramach istniejących programów stacjonarnych studiów doktoranckich wdrożeniowej ścieżki kariery akademickiej (doktoraty wdrożeniowe). Powstały program kształcenia dopasowany będzie do potrzeb rynku pracy i realizowany będzie w ścisłej współpracy pomiędzy uczelnią a przedsiębiorcami. Przeprowadzone rozmowy w grupie współpracujących z Wydziałem partnerów przemysłowych oraz studentów studiów magisterskich, potencjalnych kandydatów na studia doktoranckie, wykazały, iż schemat doktoratów wdrożeniowych idealnie wpisuje się w obszary automatyki i robotyki oraz informatyki. Dlatego też zdecydowano się w pierwszym etapie modernizacji oferty skoncentrować na tych dwóch dyscyplinach z obszaru nauk technicznych: Automatyka i Robotyka oraz Informatyka.

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Wsparcie grupy "SPECTRE" w rywalizacji w konkursie Microsoft Imagine Cup - wdrożenie innowacyjnych rozwiązań przetwarzania danych biologii molekularnej (Support for "SPECTRE" team in the Microsoft Imagine Cup competition - development of innovative solutions for molecular biology data processing)

Numer: bd

Czas trwania: 2017/09/01-2018/08/31

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca: Grzegorz Mrukwa

Wykonawcy:

Opis projektu: Obrazowanie molekularne MALDI MSI ma olbrzymi potencjał badawczy i diagnostyczny w medycynie, a w szczególności w onkologii. Umożliwia kompleksowy pomiar metabolitów, peptydów i białek z uwzględnieniem ich zależności przestrzennych. Pozwala m.in. na identyfikację sygnatur molekularnych tkanek nowotworowych oraz badanie heterogeniczności guzów i ich zróżnicowania pomiędzy pacjentami. Brak jest narzędzi wspomagających równoczesną analizę dużej liczby wycinków tkankowych. Problemem jest duża złożoność i rozmiar danych.
Dzięki wieloletniej współpracy z krajowymi i europejskimi ośrodkami badawczymi, w zespole prof. Joanny Polańskiej opracowano nowatorskie metody ekstrakcji istotnych dla biologii molekularnej i diagnostyki medycznej informacji. Metody te rozwijane są przez zespół Spectre. Tworzony jest serwis internetowy dedykowany szerszemu zastosowaniu powstałych technik kompresji i analizy tych danych w laboratoriach badawczych na całym świecie.
Głównym celem projektu jest wsparcie udziału zespołu w konkursie Microsoft Imagine Cup 2018. Ten prestiżowy konkurs ma zakres globalny, a najlepsze projekty liczyć mogą na silne wsparcie w procesie komercjalizacji produktu. Przygotowanie merytoryczne członków zespołu wymaga znacznego poszerzenia wiedzy z obszaru zarówno biologii molekularnej, proteomiki, jak i najnowszych technologii internetowych i zaawansowanych technik projektowania oraz tworzenia systemów informatycznych. Planuje się również prezentację serwisu na konferencji OurCon5.

Afiliowane publikacje:
1. Mrukwa Grzegorz, Katarzyna Bednarczyk, Marta Gawin, Mykola Chekan, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska: Do proteomic and lipidomic molecular images provide similar information on tumor heterogeneity? 5th International Conference of Mass Spectrometry Imaging Society OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, Holandia

2. Wolny Michał, Grzegorz Mrukwa, Joanna Polanska: Co-registration of multimodal imaging data with ellipsis’ shape approximation. 5th International Conference of Mass Spectrometry Imaging Society OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, Holandia

3. Wilgierz W., Kuchta D., Mrukwa G., Chekan M., Widłak P., Pietrowska M., Polanska J.: Genetic Algorithm in Training Set Selection for Tumor Segmentation Problem; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska

4. Wolny M., Mrukwa G., Polanska J.; Rough Local Reshaping for Multimodal Iimages Co-Registration Using Ellipsis’ Shape Approximation; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska

5. Mrukwa G., Kuchta D., Pustelnik S., Wolny M., Babiak D., Gallus M., Wilgierz W., Gamrat M., Lisak R., Polanska J.: SPECTRE – a Web Service for Efficient Tumor Molecular Heterogeneity Assessment in MALDI MSI Data; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Poprawa precyzji pomiarów fotometrycznych uzyskiwanych z pierwszych polskich satelitów naukowych.

Numer: UMO-2016/21/D/ST9/00656

Czas trwania: 2017/01/23-2019/02/22

Kierownik: Adam Popowicz


Główny wykonawca: Adam Popowicz

Wykonawcy:

Opis projektu: Poprawa precyzji pomiarów fotometrycznych uzyskiwanych z pierwszych polskich satelitów naukowych.

Afiliowane publikacje:
1. BRITe-Constellation reveals evidence for pulsations in the enigmatic binary η Carinae, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, Noe Richardson et al. (including Adam Popowicz) 2018 (accepted)

2. Adam Popowicz, 'Analysis of Dark Current in BRITE Nanostellite CCD Sensors', Sensors 2018, 18(2), 479; doi: 10.3390/s18020479


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: BiTIMS - Narzędzia bioinformatyczne do automatycznej identyfikacji obszarów guza i jego heterogeniczności na bazie profili metabolomicznych pozyskiwanych spektrometrycznymi technikami obrazowania molekularnego

Numer: UMO-2015/19/B/ST6/01736

Czas trwania: 2016/06/28-2019/06/27

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca: Grzegorz Mrukwa, Grzegorz Drazek

Wykonawcy: Anna Krawczyk

Opis projektu: Wobec stale wzrastającej zachorowalności na choroby nowotworowe oraz obserwowanej różnej skuteczności stosowanych terapii, konieczność zrozumienia przyczyn tych zjawisk wydaje się być zadaniem priorytetowym. Zespoły badawcze z całego świata podejmują ten problem, poszukując odpowiedzi z wykorzystaniem m.in. różnorodnych technik pomiarowych biologii molekularnej. MALDI-IMS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization – Image Mass Spectrometry) jest techniką pomiarową, która wiąże spektroskopię MALDI z obrazowaniem tkanek uzyskiwanym przez wielokrotne uderzenia wiązki laserowej na raster punktów na powierzchni badanej tkanki. Zastosowanie techniki MALDI-IMS w eksperymentach badawczych biologii nowotworów umożliwia identyfikację przestrzenną profili molekularnych i ich niejednorodności w obszarze guza, prowadzi jednak do wytwarzania zbiorów danych o dużym stopniu komplikacji oraz o bardzo dużych wolumenach. Ekstrakcja użytecznej informacji na bazie takich zbiorów danych zależy od opracowania odpowiednich algorytmów oraz stworzenia efektywnych narzędzi obliczeniowych. Opracowanie takich algorytmów i narzędzi jest głównym celem planowanego projektu.

Afiliowane publikacje:
1. Anna Wojakowska, Laura M. Cole, Mykola Chekan, Katarzyna Bednarczyk, Magdalena Maksymiak, Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Barbara Jarzab, Malcolm R. Clench, Joanna Polanska, Monika Pietrowska, Piotr Widlak: Discrimination of papillary thyroid cancer from non-cancerous thyroid tissue based on lipid profiling by mass spectrometry imaging, Endokrynol Pol 2018; 69 (1): 2–8, DOI: 10.5603/EP.a2018.0003

2. Agnieszka Cecotka, Joanna Polanska: Region specific methylation profiling in acute myeloid leukemia. Interdisciplinary Sciences - Computational Life Sciences, 2018, doi: 10.1007/s12539-018-0285-4

3. Bednarczyk K., Polanska J.: Analiza korekcji linii bazowej w widmach z obrazowania molekularnego MSI s. 9, Śląskie Spotkania Naukowe, Marzec 24-25, 2017, Ustroń

4. Mrukwa Grzegorz, Pietrowska Monika, Widłak Piotr, Polanska Joanna: Investigation of molecular heterogeneity of head and neck cancer in MALDI-MSI preparations, 12th European Molecular Imaging Meeting - EMIM 2017, Cologne, Germany, 05-07.04.2017

5. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Initializing the EM Algorithm for Univariate Gaussian, Multi-Component, Heteroscedastic Mixture Models by Dynamic Programming Partitions, International Journal of Computational Methods, 2017, doi: 10.1142/S0219876218500123

6. Serge M. Candéias Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie: Low dose radiation accelerates ageing of the murine T cell receptor 1 repertoire. Cellular and Molecular Life Sciences, 2017, 74(23):4339-4351; doi: 10.1007/s00018-017-2581-2

7. Zyla J., Marczyk M., Polanska J.: Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. p. 146-154 (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0

8. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach. Computational Approaches in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

9. Marczyk M, Polanski A, Polanska J: Improving Peak Detection by Gaussian Mixture Modeling of Mass Spectral Signal. In ISBN: 978-1-5386-1037-4, pp. 39-43, 3rd International Conference on Frontiers of Signal Processing ICFSP 2017, Paris, France, September 6-8, 2017

10. Marczyk M, Smejkal T: Spatial Feature Selection For Finding Biomarkers Using Imaging Mass Spectrometry Data. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, p. 123-129 (ISBN: 978-83-932893-3-2)

11. Bednarczyk K, Gawin M, Pietrowska M, Widłak P, Polanska J: Adaptive baseline correction algorithm for MALDI spectra. OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, The Netherlands, p.159

12. Mrukwa Grzegorz, Katarzyna Bednarczyk, Marta Gawin, Mykola Chekan, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska: Do proteomic and lipidomic molecular images provide similar information on tumor heterogeneity? 5th International Conference of Mass Spectrometry Imaging Society OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, Holandia

13. Wolny Michał, Grzegorz Mrukwa, Joanna Polanska: Co-registration of multimodal imaging data with ellipsis’ shape approximation. 5th International Conference of Mass Spectrometry Imaging Society OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, Holandia

14. Gawin Marta, Ewa Stobiecka, Katarzyna Bednarczyk, Mykola Chekan, Monika Pietrowska, Joanna Polanska, Piotr Widlak: Intra-tumor heterogeneity of thyroid cancer; comparison of primary tumor and its spread to regional lymph nodes by MALDI-MSI. 5th International Conference of Mass Spectrometry Imaging Society OurConV, 25-28.09.2017, Doorn, Holandia

15. Wilgierz W., Kuchta D., Mrukwa G., Chekan M., Widłak P., Pietrowska M., Polanska J.: Genetic Algorithm in Training Set Selection for Tumor Segmentation Problem; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska

16. Wolny M., Mrukwa G., Polanska J.; Rough Local Reshaping for Multimodal Iimages Co-Registration Using Ellipsis’ Shape Approximation; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska

17. Mrukwa G., Kuchta D., Pustelnik S., Wolny M., Babiak D., Gallus M., Wilgierz W., Gamrat M., Lisak R., Polanska J.: SPECTRE – a Web Service for Efficient Tumor Molecular Heterogeneity Assessment in MALDI MSI Data; Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska

18. Binczyk Franciszek, Bram Stjelties, Christian Weber, Michael Goetz, Klaus Maier-Hein, Hans-Peter Meinzer, Barbara Bobek-Billewicz, Rafal Tarnawski, Joanna Polanska: MiMSeg - an algorithm for automated detection of tumor tissue on NMR apparent diffusion coefficient maps. Information Sciences, 2017, 384:235-248, doi:10.1016/j.ins.2016.07.052

19. Pietrowska Monika; Hanna Diehl; Grzegorz Mrukwa; Magdalena Kalinowska-Herok; Marta Gawin; Mykola Chekan; Julian Elm; Grzegorz Drazek; Anna Krawczyk; Dariusz Lange; Helmut E Meyer; Joanna Polanska; Corinna Henkel; Piotr Widlak: Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2017, 1865(7):837-45, DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.10.006

20. Freitag M, Maier-Hein KH, Binczyk F, Laun FB, Weber C, Bonekamp D, Tarnawski R, Bobek-Billewicz B, Polanska J, Majchrzak H, Stjeltjes B: Early detection of malignant transformation in resected WHO II low-grade glioma using diffusion tensor-derived quantitative measures. PLoS ONE 2016, 11(10): e0164679, DOI:10.1371/journal.pone.0164679

21. Mrukwa Grzegorz, Grzegorz Drazek, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska: Divisive iK-means algorithm as a tool for ROI selection in the search for MALDI-MSI based molecular signature of thyroid cancer. 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics Bio2016. 13-16.09.2016, Wrocław. Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(S2):72

22. Mrukwa G, Sykacek P, Drazek G, Pietrowska M, Chekan M, Widłak P, Polanska J: Assessing feature transformations for clustering of MALDI-MSI data. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń

23. Polanska J, Mrukwa G, Drazek G, Krawczyk A, Chekan M, Pietrowska M, Widlak P: Gaussian Mixture modelling in MSI-based search for molecularly homogenous regions in cancer tissue. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: PLAT - Metody automatycznej kontroli oraz maszynowego uczenia w celu identyfikacji wzorców regulacji na postawie wielopoziomowego studium pozagentycznych źródeł indywidualności

Numer: DWM.ZWB.183.243.2015

Czas trwania: 2016/05/01-2018/04/30

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca: Andrzej Polański, Piotr Widłak, Sebastian Deorowicz

Wykonawcy: Aleksandra Gruca, Dariusz Mrozek, Agnieszka Danek, Paweł Foszner, Anna Papiez, Joanna Zyla, Wojciech Łabaj

Opis projektu: Combining automatic control and machine learning to identify regulatory patterns in a multi-level study of non-genetic sources of individuality

Afiliowane publikacje:
1. Zyla J., Danek A., Labaj P., Polanska J.: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure. Book of abstracts p.27, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

2. Papiez A, Danek A, Labaj P, Gruca A, Polanska J: Functional annotation differences among Drosophila melanogaster strains, Book of abstracts p. 30, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

3. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.134.


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: VIBRATO - Validation in vivo of immune bioindicators of radiation exposure to use for emergency situations, the determination of health effects and molecular epidemiology.

Numer: Fission-2013-604984

Czas trwania: 2015/12/01-2017/05/31

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca: Justyna Kotas

Wykonawcy: Justyna Kotas

Opis projektu: To date no universal biomarker of radiation exposure exists. The validation and identification of such biological indicators suitable for emergency management but also for epidemiological purposes is the focus of VIBRATO. Ionizing radiation induces cell and tissue damages that result, besides genotoxic lesions, in the induction of inflammation. Inflammation is a highly beneficial physiological mechanism, but if it does not subside in due time, it can promote the development of chronic diseases such as cardiovascular diseases, neurodegeneration, cerebrovascular disorders and cancer. Significantly, these conditions are commonly recognized as consequences of radiation exposure. VIBRATO will validate the use of inflammation-related immune parameters as biological indicators to detect exposure to radiation. Furthermore, due to the functions of the immune system, we hypothesize that these parameters will be instrumental in the design of molecular epidemiology studies addressing radiation health effects. Several genes have already been identified to be modulated in whole blood by radiation exposure ex-vivo. The specificity of these biomarkers will be significantly enhanced and reinforced by combining the monitoring of these stress-induced gene expression with the organismal immune response to radiation for establishing a specific signature of radiation exposure. The main aims of VIBRATO are to validate the use of genes already identified in vitro as bioindicators of exposure in samples obtained from patients exposed to radiation during the course of radiotherapy for cancer and inflammatory non-cancer diseases, in relation with radiation dose and time post-exposure. Further, in the same samples, the modulation of several additional immune and cancer genes will be explored to expand our collection of biological indicators in order to provide suitable tools for future molecular epidemiology studies and for the assessment of radiation health effects.

Afiliowane publikacje:
1. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Does Copy Number Variation differ between radiosensitive and regular response patients? Preliminary results. OPERRA Workshop REIS-2017, Book of abstracts, p. 38. 07-09.03.2017, Budapest, Hungary.

2. Mika J, Badie C., Candéias S., Cherradi N., Polanska J. Text-mining methods in support for comprehensive literature search – Tis11/Tristetraprolin targets study., Book of abstract p.58, REIS 2017, March 7-9, 2017, Budapest

3. Mika J., Polanska J.: Poszukiwanie biomarkerów ekspozycji na promieniowanie powiązanych z białkiem Tis11/TTP. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.34

4. Candéias S., I. Testard, N. Cherradi, U. Gaipl, B. Frey, C. Badie, Lourdes Cruz-Garcia, J. Polanska, P. Widlak, K. Lumniczky, VIBRATO - Validation in vivo of immune biological indicators of radiation exposure to use for emergency situations, the determination of health effects and molecular epidemiology, Radiation Protection Week, Book of abstracts, p.111, 19-23.09.2016, Oxford, UK

5. Ros-Mazurczyk Malgorzata, Jelonek Karol, Pietrowska Monika, Zagdanski Adam, Suchwalko Agnieszka, Jastrzab Tomasz, Polanska Joanna, Chawińska Ewa, Majewski Wojciech, Dominczyk Iwona, Rutkowski Tomasz, Miszczyk Leszek, Składowski Krzysztof, Widlak Piotr: Radiotherapy-Induced Changes in Serum Lipid Profile of Patients with Prostate or Head and Neck Cancer. Jacobs Journal of Radiation Oncology, 2016, 3(2):030


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: MOLTEST BIS - walidacja molekularnych sygnatur wczesnego wykrywania raka płuca w grupie wysokiego ryzyka zachorowania

Numer: PBS3/A7/29/2015/ID-247184

Czas trwania: 2015/12/01-2018/11/30

Kierownik: Witold Rzyman, Gdański Uniwersytet Medyczny


Główny wykonawca: Joanna Polanska

Wykonawcy: Michał Marczyk, Franciszek Binczyk

Opis projektu: Proponowany projekt jest konsekwencją dwóch wcześniejszych projektów, w których wykonano badanie niskodawkowej tomografii komputerowej (NDTK) u 8600 osób z grupy wysokiego ryzyka zachorowania na raka płuca, a następnie przeprowadzono badania molekularne w celu wykrycia sygnatury wczesnego raka płuca. Na ich podstawie opracowano 4 sygnatury molekularne oparte o wybrane białka, krążące miRNA i profil masowy peptydomu surowicy; sygnatury te poddano procesowi patentowemu. Sygnatury te charakteryzują się ponad 90% czułością i ponad 30% swoistością, co znacząco przewyższa dokładność diagnostyczną NDTK. Celem obecnego projektu jest walidacja wartości diagnostycznej tych sygnatur na niezależnej grupie osób wysokiego ryzyka raka płuca. Przewidujemy przebadanie 7000 osób przy zastosowaniu NDTK, od których zostanie pobrana krew i przeprowadzone zostanie molekularne badanie walidacyjne. Wyniki takiego badania umożliwią komercjalizację otrzymanych sygnatur i przygotowanie testu diagnostycznego.

Afiliowane publikacje:
1. Ros-Mazurczyk Małgorzata; Anna Wojakowska; Lukasz Marczak; Krzysztof Polanski; Monika Pietrowska; Joanna Polanska; Rafal Dziadziuszko; Jacek Jassem; Witold Rzyman; Piotr Widlak: Panel of serum metabolites discriminates cancer patients and healthy participants of lung cancer screening - a pilot study. Acta Biochimica Polonica, 2017, 64 (3):513-518, Epub August 10, doi: 10.18388/abp.2017_1517

2. Ros-Mazurczyk M, Pietrowska M, Jelonek K, Marczyk M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P: Serum lipid profile as a biomarker of early lung cancer: decreased levels of lysophosphatidylcholines in serum of cancer patients. Book of Abstracts, p.112, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: GeCONiI - Górnośląskie Centrum Obliczeń Naukowych i Inżynierskich

Numer: POIG 02.03.01-24-099

Czas trwania: 2013/06/01-2015/12/31

Kierownik: Joanna Polanska


Główny wykonawca: Andrzej Polanski, Sebastian Deorowicz, Dariusz Choiński

Wykonawcy: Michał Marczyk, Joanna Zyla, Anna Papiez, Franciszek Binczyk, Bernadetta Sarat, Agnieszka Blachowicz; Justyna Kotas, Adam Popowicz

Opis projektu: Bezpośrednim celem projektu jest rozwój infrastruktury informatycznej nauki Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej poprzez utworzenie Górnośląskiego Centrum Obliczeń Naukowych i Inżynierskich.

Afiliowane publikacje:
1. Chobot Agata, Ewa Rusak, Janet Wenzlau, Howard Davidson, Piotr Adamczyk, Agnieszka Krzywicka, Bogdan Mazur, Joanna Polanska, Marian Rewers: ATP4A autoimmunity in pediatric patients with type 1 diabetes and its relationship to blood count, iron metabolism and vitamin B12. Pediatric Diabetes, 2018, 19:80-84, Epub April 12, 2017, doi: 10.1111/pedi.12528

2. Agnieszka Cecotka, Joanna Polanska: Region specific methylation profiling in acute myeloid leukemia. Interdisciplinary Sciences - Computational Life Sciences, 2018, doi: 10.1007/s12539-018-0285-4

3. Dziedzic R, Zurek W, Marjanski T, Rudzinski P, Orlowski TM, Sawicka W, Marczyk M, Polanska J, Rzyman W: Stage I non-small cell lung cancer. Long-term results of lobectomy versus sublobar resection from the Polish National Lung Cancer Registry. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2017, 52(2):363–369, doi: 10.1093/ejcts/ezx092

4. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Updated 24-year trend of type 1 diabetes incidence in children in Poland reveals a sinusoidal pattern and sustained increase. Diabetic Medicine, 2017, 34(9):1252-1258; doi: 10.1111/dme.13345

5. Marczyk M: Mixture modeling of 2D gel electrophoresis spots enhances the performance of spot detection. IEEE Transactions on Nanobioscience 2017, 16(2), p.91-99

6. Labaj Wojciech, Papiez Anna, Polanski Andrzej, Polanska Joanna: Comprehensive analysis of MILE gene expression data set advances discovery of leukaemia type and subtype biomarkers. Interdiscip Sci Comput Life Sci, 2017, 9(1):24–35, doi: 10.1007/s12539-017-0216-9

7. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Does Copy Number Variation differ between radiosensitive and regular response patients? Preliminary results. OPERRA Workshop REIS-2017, Book of abstracts, p. 38. 07-09.03.2017, Budapest, Hungary.

8. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Analiza trendów zmian strukturalnych w genomie w odpowiedzi na wybrane dawki promieniowania jonizującego. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.41

9. Zyla J, Marczyk M, Weiner J, Polanska J: Ranking metrics in Gene Set Enrichment Analysis: do they matter? BMC Bioinformatics, 2017, 18(1):256, doi:10.1186/s12859-017-1674-0

10. Cieślar-Pobuda A, Knoflach V, Ringh MV, Stark J, Likus W, Siemianowicz K et al. Transdifferentiation and reprogramming: Overview of the processes, their similarities and differences. Biochim Biophys Acta 2017, https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2017.04.017

11. Chobot A, Sokołowska M, Stompór J, Szyda K, Deja G, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Okres remisji u dzieci z cukrzycą typu 1 (T1DM) rozpoznaną w latach 2012-2013. Clinical Diabetology, 2017, 6(Suppl.B):2-3, XVIII Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego PTD’17, 18-20 maja 2017, Poznań

12. Marczyk M: Processing 2D Gel Electrophoresis Images for Efficient Gaussian Mixture Modeling. In 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616, Fdez-Riverola F, Mohamad M, Rocha M, De Paz J, Pinto T, editors. Springer, Cham 2017, p. 35-42 (ISBN: 978-3-319-60815-0)

13. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Initializing the EM Algorithm for Univariate Gaussian, Multi-Component, Heteroscedastic Mixture Models by Dynamic Programming Partitions, International Journal of Computational Methods, 2017, doi: 10.1142/S0219876218500123

14. Serge M. Candéias Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie: Low dose radiation accelerates ageing of the murine T cell receptor 1 repertoire. Cellular and Molecular Life Sciences, 2017, 74(23):4339-4351; doi: 10.1007/s00018-017-2581-2

15. Zyla J., Marczyk M., Polanska J.: Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. p. 146-154 (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0

16. Zyla J., Danek A., Labaj P., Polanska J.: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure. Book of abstracts p.27, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

17. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach. Computational Approaches in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

18. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line. Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

19. Ros-Mazurczyk M, Jelonek K, Marczyk M, Binczyk F, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P: Serum lipid profile discriminates patients with early lung cancer from healthy controls. Lung Cancer, 2017, 112:69-74; doi:10.1016/j.lungcan.2017.07.036

20. Ros-Mazurczyk Małgorzata; Anna Wojakowska; Lukasz Marczak; Krzysztof Polanski; Monika Pietrowska; Joanna Polanska; Rafal Dziadziuszko; Jacek Jassem; Witold Rzyman; Piotr Widlak: Panel of serum metabolites discriminates cancer patients and healthy participants of lung cancer screening - a pilot study. Acta Biochimica Polonica, 2017, 64 (3):513-518, Epub August 10, doi: 10.18388/abp.2017_1517

21. Cecotka A., Polanska J.: Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 189-196, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0

22. Marczyk M, Smejkal T: Spatial Feature Selection For Finding Biomarkers Using Imaging Mass Spectrometry Data. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, p. 123-129 (ISBN: 978-83-932893-3-2)

23. Zyla J, Badie C, Albeih G, Polanska J: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, 2017, p. 155-160. Eds. U. Forys, J. Smieja, ISBN: 978-83-932893-3-2

24. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.

25. Papiez A, Danek A, Labaj P, Gruca A, Polanska J: Functional annotation differences among Drosophila melanogaster strains, Book of abstracts p. 30, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria

26. Serge M. Candéias Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie: Low dose radiation accelerates ageing of the T cell receptor repertoire in mice, Book of Abstracts p.224, ERRS and GBS 2017, 17-21.08.2017, Essen, Germany

27. A. Chobot, M. Sokolowska, J. Stompor, K. Szyda, G. Deja, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Type 1 diabetes (T1DM) remission in a cohort of 194 children - evidence supporting the acceleration hypothesis?, 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, P352, Pediatric Diabetes, 18(S25):172

28.

29. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.134.

30. Zyla J., Kabacik S., Manning G., Finnon P., Wakil S., Alsbeih G., Badie C., Polanska J.: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, p.83, 10-12.10.2017, Paryż, France

31. Piotr Laszczyk: Simplified modeling of liquid-liquid heat exchangers for use in control systems.Applied Thermal Engineering 119 (2017) 140–155, DOI:https://doi.org/10.1016/j.applthermaleng.2017.03.033

32. Binczyk Franciszek, Bram Stjelties, Christian Weber, Michael Goetz, Klaus Maier-Hein, Hans-Peter Meinzer, Barbara Bobek-Billewicz, Rafal Tarnawski, Joanna Polanska: MiMSeg - an algorithm for automated detection of tumor tissue on NMR apparent diffusion coefficient maps. Information Sciences, 2017, 384:235-248, doi:10.1016/j.ins.2016.07.052

33. Pietrowska Monika; Hanna Diehl; Grzegorz Mrukwa; Magdalena Kalinowska-Herok; Marta Gawin; Mykola Chekan; Julian Elm; Grzegorz Drazek; Anna Krawczyk; Dariusz Lange; Helmut E Meyer; Joanna Polanska; Corinna Henkel; Piotr Widlak: Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2017, 1865(7):837-45, DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.10.006

34. L. Malinski, B. Smolka, Fast adaptive switching technique of impulsive noise removal in color images, Journal of Real-Time Image Processing, p. 1-22, 2016, DOI: doi:10.1007/s11554-016-0599-6

35. Mika J, Badie C, Candeias S, Polanska J: Calculation of nucleotide sequence occurrence probability in high-throuput TCR sequencing data to examine effect of irradiation. Book of Abstracts, p.108, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

36. Labaj W, Papiez A, Polanska J: Leukemia subtype biomarker validation in large gene ex-pression study. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.101 - poster

37. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Discovering new biologically relevant pathways by Gene Set Enrichment Analysis. Book of Abstracts, p.102, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

38. Cecotka Agnieszka, Grainne Manning, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML. Gli-wickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.104 - poster

39. Cecotka A, Manning G, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML, Book of Abstracts, p.104, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

40. L. Malinski, B. Smolka, Fast averaging peer group filter for the impulsive noise removal in color images, Journal of Real-Time Image Processing, 11(3):427-444, March 2016, DOI: 10.1007/s11554-015-0500-z

41. Rolnik B., Al-Harbi N., Judia S.B., Majid S., Alsbeih G., Polanska J.: Hierarchical clusterization of dose-response trends in structural modifications of genome, Acta Biochimica Polonica, Supplement 2, Abstracts of BIO 2016 Congress, Wrocław, Poland 13-16.09.16, p.44

42. Goetz M, C Weber, F Binczyk, J Polanska, R Tarnawski, B Bobek-Billewicz, U Koethe, HP Meinzer, B Stieltjes, KH. Maier-Hein: DALSA: Domain Adaptation for Supervised Learning from Sparsely Annotated MR Images. IEEE Transaction on Medical Imaging, 2016, 35(1):184-96, doi: 10.1109/TMI.2015.2463078

43. A. R. Kurek, T. Pieta, T. Stabel, A. Pollo, and A. Popowicz, Quantum Telescope: feasibility and constrains, OPTICS LETTERS, 41(6):1094 · March 2016 DOI: 10.1364/OL.41.001094

44. K. Radlak, B. Smolka, High dimensional local binary patterns for facial expression recognition in the wild, In Proc. Of 18th Mediterranean Electrotechnical Conference (MELECON), 2016, p. 1-5, DOI: 10.1109/MELCON.2016.7495381

45. Widlak P, Mrukwa G, Kalinowska M, Pietrowska M, Chekan M, Wierzgon J, Gawin M, Drazek G, Polanska J: Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium – application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics, 2016, 16(11-12):1613-21, DOI: 10.1002/pmic.201500458

46. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Sensitivity, Specificity and Prioritization of Gene Set Analysis When Applying Different Ranking Metrics. In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, PACBB'16, 1-3 June 2016, Sevilla, Spain. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 477, p.61-69, Eds. M. Saberi Mohamad, P.M. Rocha, F. Fdez-Riverola, J.F. Domínguez Mayo, F.J. De Paz, Springer International Publishing 2016, ISBN: 978-3-319-40125-6

47. Labaj W, Papiez A, Polanska J, Polanski A: Deep data analysis of a large microarray collection for leukemia biomarker identification. In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, PACBB'16, 1-3 June 2016, Sevilla, Spain. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 477, p.71-79, Eds. M. Saberi Mohamad, P.M. Rocha, F. Fdez-Riverola, J.F. Domínguez Mayo, F.J. De Paz, Springer International Publishing 2016, ISBN: 978-3-3194-0125-6

48. Mrukwa G, Drazek G, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: A novel divisive iK-means algorithm with region-driven feature selection as a tool for automated detection of tumour heterogeneity in MALDI IMS experiments. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9656, pp. 113-124, 4th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2016, Granada,Spain, 20-22.04.2016 ISBN 978-3-319-31744-1, DOI: 10.1007/978-3-319-31744-1_11

49. Krawczyk A, Polanska J: Comparative analysis of microRNA-target gene interaction prediction algorithms - the attempt to compare the results of three algorithms. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9656, pp. 103-112, 4th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2016, Granada,Spain, 20-22.04.2016, ISBN 978-3-319-31744-1, DOI: 10.1007/978-3-319-31744-1_10

50. Zyla J, Badie C, Alsbeih G, Polanska J: Multigene P-value Integration Based on SNPs Investigation for Seeking Radiosensitivity Signatures, Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9656, pp. 125-134, 4th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2016, Granada,Spain, 20-22.04.2016, (eds.): F. Ortuño and I. Rojas, ISBN 978-3-319-31743-4, DOI: 10.1007/978-3-319-31744-1_12

51. W. Likus, K. Siemianowicz, K. Bieńk, M. Pakuła, H. Pathak, C. Dutta, Q. Wang, S. Shojaei, Y. G. Assaraf, S. Ghavami, A. Cieślar-Pobuda, M. J. Łos; Could drugs inhibiting the mevalonate pathway also target cancer stem cells? Drug Resistance Updates, 2016, 25(3):13-25, dx.doi.org/10.1016/j.drup.2016.02.001

52. Jain MV, Shareef A, Likus W, Cieślar-Pobuda A, Ghavami S, Los MJ, Inhibition of miR301 enhances Akt-mediated cell proliferation by accumulation of PTEN in nucleus and its effects on cell-cycle regulatory proteins. Oncotarget 2016; 7(15):20953-65. doi:10.18632/oncotarget.7996

53. Pietrowska M, Gawin M, Polanska J, Widlak P: Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-IMS. Proteomics, 2016, 16(11-12):1670-7, doi: 10.1002/pmic.201500424

54. Akbari-Birgani S, Paranjothy T, Zuse A, Janikowski T, Cieślar-Pobuda A, Likus W, et al. Cancer stem cells, cancer-initiating cells and methods for their detection. Drug Discov Today. 2016; 21(5):836-42. doi:10.1016/j.drudis.2016.03.004

55. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Wiarygodność predykcyjnego modelu zachorowań na cukrzycę typu 1 na bazie danych z lat 1989-2004 w stosunku do prospektywnie zbieranych danych z lat 2005-2012. XVII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Kielce, 5-7 maja 2016

56. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Rewers M: Ocena częstości występowania autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci z cukrzycą typu 1. XVII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Kielce, 5-7 maja 2016

57. Gelmi A, Cieślar-Pobuda A, de Muinck E, Los M, Rafat M and Jager EW. Direct Mechanical Stimulation of Stem Cells: A Beating Electromechanically Active Scaffold for Cardiac Tissue Engineering. Adv Healthc Mater. 2016 Jun;5(12):1471-80. doi: 10.1002/adhm.201600307

58. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Rewers M: Autoimmunity towards parietal cells in pediatric patients with Type 1 diabetes. 49th Annual Congress of The European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepathology and Nutrition ESPGHAN 2016, Athens, 25–28 May 2016, Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition, 62(S1):123-124

59. Badie C., Blachowicz A., Barjaktarovic Z., Finnon R., Michaux A., Sarioglu H., Brown N., Benotmane M.A., Tapio S., Polanska J., Bouffler S.D.: Transcriptomic and proteomic analysis of mouse radiation–induced acute myeloid leukaemia (AML). Oncotarget, 2016, 7(26):40461-80, doi:10.18632/oncotarget.9626

60. Marczyk M: Improved Detection of 2D Gel Electrophoresis Spots by Using Gaussian Mixture Model. In Bioinformatics Research and Applications, A. Bourgeois, P. Skums, X. Wan and A. Zelikovsky, Editors. Springer International Publishing 2016. p. 284-94, ISBN: 978-3-319-38781-9

61. A. Cieślar-Pobuda, M. Rafat, V. Knoflach, M. Skonieczna, A. Hudecki, A. Małecki, E. Urasińska, S. Ghavami, M. J. Łos, Human induced pluripotent stem cell differentiation and direct transdifferentiation into corneal epithelial-like cells, Oncotarget, 2016, 7(27):42314-42329, DOI: 10.18632/oncotarget.9791

62. Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Ros M, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W: Serum mass profile signature as a biomarker of early lung cancer. Lung Cancer, 2016, 99:46-52, http://dx.doi.org/10.1016/j.lungcan.2016.06.011

63. Mrukwa G., Drazek G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Iteracyjne zastosowanie deglomeracyjnego algorytmu iK-średnich do grupowania próbek MALDI-MSI pod kątem profilu molekularnego. III Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2016, Dzierżno

64. Drazek G., Mrukwa G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Wykrywanie sygnatury molekularnej raka nabłonka technikami obrazowania spektrometrii mas (MALDI-IMS). Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2015, Dzierżno

65. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawlowski R, Polanska J, Biernat W, Jaskiewicz J, Jassem J: Prognostic value of 5-microRNA based signature in T2-T3N0 colon cancer. Clinical & Experimental Metastasis, 2016, 33:765–773, DOI 10.1007/s10585-016-9810-1

66. Popowicz A., Blachowicz T., A simple multipurpose double-beam optical image analyzer, Rev. Sci. Instrum. 87, 073105 (2016); http://dx.doi.org/10.1063/1.4959270

67. Blachowicz A., Manning G., Badie C., Bouffler S., Polanska J.: Detekcja regionów promotorowych genów o profilu metylacji istotnie różniącym osoby zdrowe i cierpiące na AML. Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2016, Dzierżno

68. Papiez A. , Marczyk M. , Polanski A., Polanska J.: Programowanie dynamiczne jako metoda identyfikacji efektu paczki, III Śląskie Spotkania Naukowe, Dzierżno 3-4.06.2016

69. Szymanek A., Zyla J., Badie C., Alsbeih G, Polanska J.: Functional genomic data analysis of irradiation impact to ATF3 protein expression. Acta Biochim Polonica vol.63(Suppl.2):168 - 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Wrocław Sept. 13–16 2016

70. Zyla J., Badie C., Alsbeih G., Polanska J.: Integracja prawdopodobieństw dla analiz wyników eksperymentów wysokoprzepustowej biologii molekularnej, III Śląskie Spotkania Naukowe, str. 47, Dzierżno 3-4.06.2016

71. Popowicz A., Smolka B., Fast image colourisation using the isolines concept, Multimedia Tools and Applications, (online, 2016), doi:10.1007/s11042-016-3892-2

72. A. Popowicz; A. R. Kurek; T. Blachowicz; V. Orlov; B. Smolka, On the efficiency of techniques for the reduction of impulsive noise in astronomical images, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 2016 463 (2): 2172-2189 doi: 10.1093/mnras/stw1983

73. Freitag M, Maier-Hein KH, Binczyk F, Laun FB, Weber C, Bonekamp D, Tarnawski R, Bobek-Billewicz B, Polanska J, Majchrzak H, Stjeltjes B: Early detection of malignant transformation in resected WHO II low-grade glioma using diffusion tensor-derived quantitative measures. PLoS ONE 2016, 11(10): e0164679, DOI:10.1371/journal.pone.0164679

74. Polanska J: Computer aided segmentation of brain tumour in MRI apparent diffusion coefficient (ADC) maps. 3rd Central European Symposium on Radiation Oncology – Technological and Biological Sunrise for Radiation Oncology CESORO 2016, 6-8.10.2016, Ustron Poland

75. Walaszczyk A, Pietrowska M, Wojakowska A, Abramowicz A, Rodziewicz P, Polanska J, Beh-rendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P: Identification of serum proteins associated with the risk of metastasis of breast cancer patients. 3rd Central European Symposium on Radiation Oncology – Technological and Biological Sunrise for Radiation Oncology CESORO 2016, 6-8.10.2016, Ustron Poland

76. Rolnik B, Al-Harbi N, Bin Judia S, Majid S, Alsbeih G, Polanska J: Zastosowanie trendów odpowiedzi na niskie i wysokie dawki promieniowania w analizie zmian strukturalnych genomu. III Śląskie Spotkania Naukowe SSN2016, 3-4.06.2016, Dzierżno, Polska

77. Mrukwa Grzegorz, Grzegorz Drazek, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska: Divisive iK-means algorithm as a tool for ROI selection in the search for MALDI-MSI based molecular signature of thyroid cancer. 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics Bio2016. 13-16.09.2016, Wrocław. Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(S2):72

78. Candéias Serge M., Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Long term alteration of mouse TCR repertoire following radiation exposure, Radiation Protection Week, Book of abstracts, p.84, 19-23.09.2016, Oxford, UK

79. Mrukwa G, Sykacek P, Drazek G, Pietrowska M, Chekan M, Widłak P, Polanska J: Assessing feature transformations for clustering of MALDI-MSI data. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń

80. Danielsson D, Brehwens K, Halle M, Marczyk M, Sollazzo A, Polanska J, Munck-Wikland E, Wojcik A, Haghdoost S: Influence of genetic background and stress response on risk of mandibular osteoradionecrosis after radiotherapy of head and neck cancer. Head and Neck, 2016, 38(3):387-93 DOI: 10.1002/hed.23903

81. Polanska J, Mrukwa G, Drazek G, Krawczyk A, Chekan M, Pietrowska M, Widlak P: Gaussian Mixture modelling in MSI-based search for molecularly homogenous regions in cancer tissue. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń

82. Mika Justyna, Candeias Serge, Badie Christophe and Polanska Joanna. Functionality status of murice TCR sequences – comparative analysis of diversity indices and effect size statistics, 2016. 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics (BIO2016), 13/09/2016-16/09/2016, Wrocław, pp. 169

83. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Polanska J, Rewers M. 2016. Ocena autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci z cukrzycą typu 1. XV Konferencja Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Rzeszów

84. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Rewers M., Ocena częstości występowania autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci cukrzycą typu 1. IX Ogólnopolski Zjazd Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci, 16-18 czerwca 2016, Bydgoszcz

85. Marczyk M: Methods for filtering 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.63, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

86. Ros-Mazurczyk M, Pietrowska M, Jelonek K, Marczyk M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P: Serum lipid profile as a biomarker of early lung cancer: decreased levels of lysophosphatidylcholines in serum of cancer patients. Book of Abstracts, p.112, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

87. Popowicz A., Malcher A., Bernacki K., Fietkiewicz K.: A passive FPAA based RF scatter meteor detector, Publications of the Astronomical Society of the Pacific, vol. 128, pp. 152-160, 2015

88. Zyla J., Bulman R., Badie C., Bouffler S.: Potential protein activity modifications of amino acid variants in the human transcriptome, Acta Biochimica Polonica, 64(1):57-61, 2015

89. Widlak P, K Jelonek, A Wojakowska, M Pietrowska, J Polanska, L Marczak, L Miszczyk, K Skladowski: Serum proteome signature of radiation response: upregulation of acute response factors, and downregulation of apolipoproteins and coagulation factors in cancer patients subjected to radiotherapy. International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics, 2015, 92(5):1108-1115, doi:10.1016/j.ijrobp.2015.03.040 Epub 7 April 2015

90. Popowicz A., Kurek A., Pollo A., Smolka B., Beyond the current noise limit in imaging through turbulent medium, Optics Letters, Vol.40, No. 10, pp. 2181-2184, 2015

91. Zyla J., M. Dolbniak, Badie C., Alsbeih G., Polanska J: Trend control focused integration in modeling genotype-phenotype interactions. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p. 84-85, 11.04-15.04.2015 Warsaw, POLAND

92. Kotas J., Badie C., Candéias S., Polanska J.: Usage of bootstrap sampling in comparing biological diversity of differently sized data samples. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p. 85, 11.04-15.04.2015 Warsaw, POLAND

93. Papiez A, Marczyk M, Polanski A, Polanska J: Identifying batch effects in high-throughput biological data using dynamic programming based approach. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p.81, April 12-15, 2015, Warsaw, Poland

94. Binczyk F, Tarnawski R, Polanska J: Strategies for optimizing the phase correction algorithms in Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy. BioMedical Engineering OnLine, 2015, 14(S2):S5, doi:10.1186/1475-925X-14-S2-S5

95. Popowicz A., Smolka B., A method of complex background estimation in astronomical images, Monthly Notices of Royal Astronomical Society, vol. 452(1), pp. 809-823, 2015

96. Blachowicz A, Tapio S, Barjaktarovic Z, Benotmane R, Finnon R, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Does the way of induction of AML among mouse has influence on protein signature in cells? 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, p.40, 15-18.06.2015 Poznań

97. Drazek G, Marczyk M, Polanska J: Biomarkers Discovery by Gaussian mixture modeling and permutation tests in Imaging Mass Spectrometry Data. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.14

98. Mrukwa G, Polanska J: Tuning k-means algorithm for detection of heterogenous regions in MSI samples. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań

99. B. Smolka, B. Cyganek, Impulsive noise suppression in color images based on the geodesic digital paths,Conference on Real-Time Image and Video Processing Location: San Francisco, USA, FEB 10, 2015, Proceedings of SPIE Vol. 9400 Article Number: 94000R, 2015

100. Marczyk M, Drazek G, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J, Polanski A: Modeling of Imaging Mass Spectrometry Data and Testing by Permutation for Biomarkers Discovery in Tissues. Procedia Computer Science 2015, 51, p. 693-702. International Conference On Computational Science, ICCS 2015, Reykjavík, Iceland, June 1-3, 2015

101. Marczyk M, Drazek G: Different approaches to detection and quantification of spectral peaks in mass spectrometry imaging data. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.13

102. B. Smolka, K. Radlak, Adaptive Trimmed Averaging Filter for Noise Removal in Color Images, The 10th International Conference on Computer Science & Education, p. 89-94, July 22-24, 2015, Fitzwilliam College, Cambridge University, UK

103. Pietrowska Monika, Karol Jelonek, Joanna Polanska, Anna Wojakowska, Lukasz Marczak, Ewa Chawinska, Leszek Miszczyk, Piotr Widlak: Partial-body irradiation in patients with prostate cancer treated with IMRT has a little effect on the composition of serum proteome. Proteomes, 2015, 3, 117-131, doi:10.3390/proteomes3030117

104. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Signal Partitioning Algorithm for Highly Efficient Gaussian Mixture Modeling in Mass Spectrometry. PLOS ONE, 2015, 10(7): e0134256, doi:10.1371/journal.pone.0134256

105. A. Cieślar-Pobuda, M.V. Jain, G. Kratz, J. Rzeszowska-Wolny, S. Ghavami, E. Wiechec, The expression pattern of PFKFB3 enzyme distinguishes between induced-pluripotent stem cells and cancer stem cells, Oncotarget, 2015 Oct 6;6(30):29753-70. doi: 10.18632/oncotarget.4995

106. Binczyk F., Weber C., Goetz M., Stjeltjes B., Meier-Hein K., Tarnawski R., Polanska J.: "A filtration of cerebrospinal fluid signal based on Gaussian mixture model decomposition of magnetic resonance diffusion weighted imaging data", 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, 17-19 September 2015, Lublin, Poland

107. Mrukwa G, Drazek G, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Iterative clustering procedure for automated identification of peptide signature of molecularly heterogeneous tissue regions in tumor samples. 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, 17-19 September 2015, Lublin, Poland

108. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Searching for radiosensitivity biomarkers by Monte Carlo feature selection and rought sets approach. 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society,PP'11, 17-19 September 2015, Lublin, Poland

109. Bal A: The fast method of creating high dynamic range image for fluorescent microscopy applications, VipIMAGE 2015 - V ECCOMAS Thematic Conference on Computational Vision and Medical Image Processing, Tenerife, Spain, October 19-21, 2015, Editors: João Manuel R.S. Tavares, R.M. Nata Jorge, pp. 41-47, ISBN: 978-1-138-02926-2, e-ISBN: 978-1-315-64 2015

110. Zyla J, Badie C, Alsbeih G and Polanska J: Comprehensive multiomics analysis of radiosensitivity phenomena, 2015. International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2015), 05/07/2015-09/07/2015, Taormina, pp. 34

111. Papiez A, P-value Integration as a technique for validating high-throughput biomedical experiments, International Synthetic & Systems Biology Summer School 2015, 5-9.07.2015, Book of Abstracts, p.32.

112. P Nilsson, KE Magnusson, H Appelqvist, A Cieślar-Pobuda, M Bäck; An imidazole functionalized pentameric thiophene displays different staining patterns in normal and malignant cells, Frontiers in Chemistry 3: 58, 2015, doi: 10.3389/fchem.2015.00058

113. K. Radlak, M. Bozek, B. Smolka, Silesian deception database – presentation and analysis, Proceedings of the 2015 ACM on Workshop on Multimodal Deception Detection, pp. 29-35, Seattle, USA, 2015, ISBN: 978-1-4503-3987-2

114. Zyla J, Alsbeih G, Badie C: Comparision of gene set enrichment analysis methods in single nucleotide polymorphism investigation on radiosensitivity phenomena. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 164. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

115. Serge M. Candéias, Justyna Kotas, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Effects of low dose radiation on the T lymphocyte repertoire in the mouse: analysis from a TCR point of view. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 35. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

116. Justyna Kotas, Christophe Badie, Serge Candéias, Joanna Polanska: Do the dose and the time post irradiation affect functional V genes frequencies in murine TCR? XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 97. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

117. Tobiasz J., Papiez A., The application of the microarray analysis methods in search of candidate gene signatures of radiosensitivity. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 151. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

118. Marczyk M: Modeling of protein spots on 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.110, XIX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 20-21, 2015

119. Aneta Wegierek-Ciuk, Michal Arabski, Piotr Kedzierawski, Agnieszka Florek, Dariusz Solowiej, Stanislaw Gozdz, Halina Lisowska, Artur Kowalik, Magdalena Kowalska, Andrzej Wojcik, Joanna Polanska, Anna Lankoff: Searching for in vitro biomarkers of susceptibility to prostate and cervical cancers by analysis of chromosomal instability, γ-H2AX foci, polymor-phisms in DNA repair genes and apoptosis, Journal of Pre-Clinical and Clinical Research, 2015, Vol 9, No 2, 97-104

120. Rolnik B., Al-Harbi N., Judia S.B., Majid S., Alsbeih G., Polanska J.: Copy number variation analysis as a method for finding out biomarkers of radiosensitivity. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 134. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

121. A. Kordecki, Bal A, Capturing the Best Hyperspectral Image in Different Lighting Conditions, The 8th International Conference on Machine Vision (ICMV 2015), Barcelona, Spain, 18-22.11.2015

122. Mrukwa G., Drazek G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Novel ik-means algorithm comparison with PCA-based approach for determining heterogeneity in MALDI-MSI tumor samples. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 116. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

123. K. Nurzynska, B. Smolka, Smiling and neutral facial display recognition with local binary patterns operator, Journal of Medical Imaging and Health Informatics, vol.5, no. 6, pp. 1-9, 2015 American Scientific Publishers, USA, ISBN 2156-7018

124. B. Smolka, D. Kusnik, Robust local similarity filter for the reduction of mixed Gaussian and impulsive noise in color digital images, Signal, Image and Video Processing, 9, 1, 49-56, 2015

125. K. Nurzynska, B. Smolka, SNiP - Smile - Neutral facial display Intensity Predictor. In J.M. R. S. Tavares and R. M N. Jorge (eds.) VipIMAGE 2015, Computational Vision and Medical image Processing V, pp. 347-353, 2016 Taylor & Francis Group, London, (October 19-21, 2015, Tenerife, Spain.)

126. Chobot A, Polanska J, Deja G, Jarosz-Chobot P: Epidemiology of type 1 diabetes among Silesian children aged 0-14 years – 24 years of observations. Acta Diabetologica 2015, 52:483-488, doi: 10.1007/s00592-014-0682-z

127. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Least squares estimators of peptide species concentrations based on Gaussian mixture decompositions of protein mass spectra. 12th German-Polish Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications, SMSTA 2015, 16-20.02.2015, Wrocław, Poland. Proceedings in Mathematics and Statistics, vol.122, pp 425-432, ISBN 978-3-319-13880-0 Eds. Steland A, Rafajłowicz E, Szajowski K. Springer

128. Binczyk F, Marczyk M and Polanska J: Mixture model based efficient method for magnetic resonance spectra quantification. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9044, pp.406-417, ISBN 978-3-319-16480-9, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015

129. Papiez A, Kabacik S, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Statistical integration of p-values for enhancing discovery of radiotoxicity gene signatures. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9043, pp. 503-513, ISBN 978-3-319-16482-3, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015

130. Dolbniak M, Zyla J, Kabacik S, Manning G, Badie C, Alsbeih G, Polanska J: Is the identification of SNP-miRNA interactions supporting the prediction of human lymphocyte transcriptional radiation responses? 6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. pp.243-250 Eds. Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Ana Fred, Hugo Gamboa and Dirk Elias ISBN: 978-989-758-070-3 BIOSTEC/BIOINFORMATICS 2015, 12-15 January 2015, Lisbon, Portugal

131. Staniszewski M, Binczyk F, Skorupa A, Boguszewicz L, Sokol M, Polanska J, Polanski A: Comparison of black box implementations of two algorithms of processing of NMR spectra, Gaussian Mixture Model and Singular Value Decomposition, 8th International Conference on Bio-inspired Systems and Signal Processing. pp.57-65 ISBN: 978-989-758-069-7 Eds:Harald Loose, Ana Fred, Hugo Gamboa and Dirk Elias, BIOSTEC/BIOSIGNALS 2015, 12-15 January 2015, Lisbon, Portugal

132. M. Kawulok, J. Kawulok, J. Nalepa, and B. Smolka, “Self-adaptive algorithm for segmenting skin regions,” EURASIP Journal on Advances in Signal Processing, vol. 2014, no. 170, 2014

133. Krol L. Alsbeih G. Badie C. Polanska J: Impact of missing genotype imputation on the power of Genome Wide Association Studies. Proceedings of International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014). vol.2 p.1603-1614, ISBN:978-84-15814-84-9, 7-9.04.2014, Granada, SPAIN

134. Radlak K., Smolka B.: Adaptive Non-Local Means Filtering for Speckle Noise Reduction. In: Computer Vision and Graphics, Lecture Notes in Computer Science, Springer, Volume 8671, 2014, pp 518-525, ISBN:978-3-319-11330-2

135. Zyla J., Badie C., Alsbeih G., Polanska J.: Integrative data analysis for DNA damage repair genes related to p53. Acta Biochim Polonica vol.61(Suppl.1):101 - 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa Sept. 9–12 2014

136. Papiez A., Badie C., Polanska J.: Statistical methods for integrating high-throughput biological data. Acta Biochim Polonica vol.61(Suppl.1):95 - 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Warszawa Sept. 9–12 2014

137. Marczyk M, Polanska J, Polanski A: Modeling of MALDI-ToF spectra by parallel computing. Acta Biochimica Polonica 2014, vol.61(Supp. 1), p. 92. 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa, Poland, September 9–12, 2014

138. Binczyk F, Marczyk M, Polanski A, Polanska J: An efficient approach for estimating GMM initial conditions as a way of improvement of Nuclear Magnetic resonance spectra analysis. Acta Biochimica Polonica 2014, vol.61(Supp. 1), p. 78. 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa, Poland, September 9–12, 2014

139. Popowicz A., A review of dark current nonlinearities in CCD image sensors, Pomiary Automatyka Kontrola, PAK 2014 nr 06, s. 362-365

140. Zyla J. Alsbeih G. Kabacik S. Badie C. Polanska J: Heredity of the G1 and G2 cell cycle phase based on genes in p53 pathway. XVIII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 160. 21-22.11.2014, Gliwice, Poland

141. Binczyk F, M Marczyk, J Polanska: Fast and efficient techniques of magnetic resonance spectra decomposition based on mixture model. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.55

142. Blachowicz A, S Tapio, Z Barjaktarovic, R Benotmane, C Badie, S Bouffler, J Polanska: Comparison study of transcriptomic and proteomic analyses of three mouse radiation induced AMLs. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.56

143. Papiez A, C Badie, J Polanska: Impact of the selection of statistical test on the quality of gene signatures in an integrative analysis approach. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.125


Rozwiń/Zwiń



Zakończone projekty